羽黒山の山頂、三神合祭殿のそばに建つ博物館です。国宝の銅鏡をはじめ、鏡池から出土した多数の古鏡や、修験の道具・仏像が収蔵されています。二千段を超える石段を登った先で、この山が長く信仰を集めてきた理由をあらためて確かめられる場所です。