大山祇神社のとなりにある、海と生き物をテーマにした博物館です。昭和天皇が生物研究に使った採集船・葉山丸が陸に上げられて保存され、船内の様子まで見られます。神社の宝物館と共通の券で入れるので、参拝とあわせて回るのが定番です。