島原・天草一揆を率いた天草四郎と、天草のキリシタンの歴史をたどる施設です。南蛮船や当時の信仰の様子を再現した展示があり、なぜこの地で一揆が起きたのかが立体的に見えてきます。天草へ渡る玄関口の大矢野島にあるので、島めぐりの最初に寄ると理解が深まります。